В стиле, в разделе Положение на странице, у всех стилей стоит "не отрывать от следующего абзаца"
В принципе уже одно это может давать кучу проблем. Эта опция нужна только для абзацев, которые реально не должны оказываться с последующим текстом на разных страницах - например, для заголовков (одинокий заголовок в конце страницы, а начало главы на следующей - довольно необычное решение).
Но возможно, у Ваших стилей абзацев (или у самих абзацев) ещё и стоит какое-нибудь большое значение в запрете начальных/концевых висячих строк?